Die Lebensgeschichte Afras dürfte weitgehend Legende sein. Sie soll mit ihrer Mutter mit cyprischen Legionären nach
Augsburg gekommen sein. Hier unterhielt ihre Mutter Hilaria ein Bordell, in dem auch Afra arbeitete.
Bischof Narcissus von Gerona (Spanien) fand in dem Haus Zuflucht, als er vor der Verfolgung unter Diocletian geflohen war. Afra erfuhr durch ihn vom christlichen Glauben und ließ sich mit ihrer Mutter taufen.
Um Narcissus und Afra entstand eine kleine Gemeinde. Das Bordell soll zur ersten Kirche Augsburgs geworden sein. Narcissus setzte einen Onkel Afras, Dionysius, zum Bischof der Gemeinde ein und kehrte nach Spanien zurück.
Die Bekehrung Afras wurde bald der Staatsmacht angezeigt. Da sie sich auch unter Folterungen weigerte, dem christlichen Glauben abzuschwören, wurde sie um 305 auf einer Insel im Lech verbrannt oder enthauptet. Ihre Mutter und andere Frauen, die sich auch zu Christus bekannten, wurden kurz darauf ebenfalls verbrannt. Vorher soll ihre Mutter noch eine Kapelle über Afras Grab erbaut haben. Später befand sich ihr Grab in der Afra-Kirche.
Afra wurde 1064 heiliggesprochen. In diesem Jahr wurde auch ein römischer Sarkophag mit angekohlten Gebeinen gefunden, den man als Sarg Afras identifizierte und der sich jetzt in der Unterkirche der Basilika St. Ulrich und Afra befindet.
Afra ist mit Ulrich Patronin von Augsburg. Gesichert ist, dass Afra um 304 enthauptet wurde, die später entstandenen Legenden sind vielleicht aus einer Christianisierung des griechischen Aphrodite-Kultes entstanden.