Giovanni, in Montalcino bei Siena als Sohn armer Eltern geboren, wurde Franziskanermönch und übernahm nach erfolgter Ausbildung
eine Professur in Mailand. Seine
Studien brachten ihn mit dem reformatorischen Gedankengut in Berührung, und bald vertrat er selbst die Überzeugung, man könne allein aus Glauben
die Gnade Gottes empfangen. Als er diese Lehre öffentlich vertrat, musste er sich 1535 in Rom verantworten. Den gut gemeinten Rat, sich wieder
der aristotelischen Lehre zuzuwenden, schlug er in den Wind und wurde darum nach Neapel versetzt. Dort fand er Gleichgesinnte, unter ihnen
den Kapuzinergeneral Bernardino Occhino und den Augustinerpropst Peter Martyr, und mit ihnen sammelte er eine nicht kleine Schar von Anhängern
um sich. Weil sie gute Freunde in der Kurie hatten, geschah ihnen trotz zahlreicher Anklagen nichts.
Erst die Inquisition, die 1542 in ganz Italien eingeführt wurde, änderte das Bild. Mollio versuchte, sich zu verbergen, was ihm 10 Jahre lang gelang.
1553 wurde er in Ravenna verhaftet und nach Rom gebracht. Von einem öffentlichen Gericht verhört und verurteilt, starb er am 5. September 1553
durch den Strang. Dann wurde der Leichnam verbrannt. Mit ihm starb sein Schüler Tisserano.