William Penn wurde 1644 als Sohn eines Admirals in London geboren. Sein Vater war ein überaus reicher und mächtiger
Mann im Königreich. Als 12jähriger lernte Penn den Quäker Thomas Loe kennen, der ihm geistlicher Freund und Vater wurde. Eine 1660 begonnene Ausbildung in Oxford musste Penn 1662 wegen unerlaubter religiöser Tätigkeit beenden. Sein Vater schickte ihn auf eine lange Studienreise, um ihn gewissermaßen vom Quäkertum zu heilen. Da diese Erziehungsmaßnahme zunächst zu wirken schien, wurde William 1666 die Verwaltung der Ländereien in Cork in Irland übertragen.
Hier traf er wieder mit Loe zusammen und legte in einer Versammlung ein Bekenntnis ab. 1667 wurde er zum ersten Mal verhaftet und im Tower inhaftiert. Hier verfasste er mehrere religiöse Schriften und schrieb Briefe an die Behörden, in denen er die Ungesetzlichkeit der Quäkerverfolgung angesichts der traditionellen Glaubensfreiheit in England anprangerte. Er wurde daraufhin aus der Haft entlassen, aber 1668 wegen seines fortgesetzten öffentlichen Eintretens für die Quäker zu 9 Monaten Einzelhaft verurteilt. Während der Haft schrieb Penn Bücher, die zu grundlegenden Schriften der Quäker wurden.
1670 wurde Penn ein drittes Mal verhaftet. In diesem Jahr starb auch sein Vater, der sich vor seinem Tode noch mit William versöhnt hatte. Penn unternahm nun mehrere Missionsreisen in Deutschland und Holland. 1681 ließ er sich von König Charles II. zur Tilgung eines Darlehens, das sein Vater dem König gewährt hatte, große Landstriche in Nordamerika übertragen und sich zum Gouverneur dieses Landes ernennen. Penn wollte dieses Land New-Wales nennen, aber Charles II.bestand auf Penn-Sylvania.
Penn hatte schon vorher Land in Nordamerika erworben. Seine Kolonie sollte eine Heimat für wegen ihres Glaubens Verfolgte werden. Außerdem nutzte er die Gelegenheit des Neuanfangs, um eine tolerante christliche Gemeinschaft aufbauen. 1677 reisten die ersten Siedler nach Pennsylvanien, wo die Keimzelle der modernen Demokratie entstand. Penn hielt sich mehrmals in seiner Kolonie auf. 1683 gründete er Philadelphia.
1693 verfasste er „An Essay towards the Present and Future Peace of Europe” (Ein Aufsatz zur Gegenwart und Zukunft des Friedens in Europa), in dem er die Gründung eines Europarates bzw. -Parlaments vorschlug. Die Ideen aus diesem Aufsatz fanden auch Niederschlag in der Charta für Pennsylvanien, die um 1700 entstand und Vorbild der Unabhängigkeitserklärung der USA von 1776 wurde.
1701 musste Penn Nordamerika verlassen. 1704 beraubte ihn eine Krankheit seiner geistigen Fähigkeiten, so dass er bis zu seinem Tod am 30. Juli 1718 gepflegt werden musste.